В ходе Восточно-Прусской наступательной операции соединения 3-го Белорусского фронта подошли к Кенигсбергу уже в январе 1945 года, но для штурма не хватило сил, они были растянуты по всей Восточной Пруссии. Советские войска готовились к штурму города, собирая данные о нем из всех возможных источников, ведь Кенигсберг был столицей и крупнейшим индустриально-торговым центром провинции Восточная Пруссия, крупным узлом железных и шоссейных дорог, важным морским портом, крупнейшим промышленным центром Восточной Пруссии с машиностроительной, целлюлозно-бумажной, сельскохозяйственной, пищевой, химической и другими отраслями промышленности. Был создан подробный макет города, который и сейчас хранится в Калининградском областном историко-художественном музее. На нем Кенигсберг был разбит на сектора, макет использовали для обучения командующих армиями, командиров корпусов и дивизий.

Для штурма Кёнигсберга была сосредоточена группировка войск численностью более 106 тысяч человек, 5200 орудий и миномётов, 538 танков и самоходных артиллерийских установок, 2174 самолётов, были созданы 26 штурмовых отрядов и 104 штурмовые группы. В штурмовые группы привлекали в первую очередь тех, кто имел за плечами опыт уличных боёв, в частности участников Сталинградской битвы.

Артиллерийские подразделения начали обстреливать крепость 2 апреля, Советская артиллерия обрушила на крепость лавину огня, сметая укрепления противника. Около полудня 6 апреля 1945 года штурмовые части начали наступление. Согласно плану, основные силы обходили форты, которые блокировались стрелковыми батальонами или ротами при поддержке самоходных орудий, подавлявших вражеский огонь, сапёров, использовавших подрывные заряды, и огнемётчиков. Решающим днём штурма стало 7 апреля. После падения Шарлоттенбурга немцы провели серию контратак, пытаясь переломить ситуацию. В бой были брошены все имеющиеся резервы. Несмотря на это, к вечеру части Красной армии продвинулись вперёд ещё на 3–4 километра, заняв 130 кварталов. Под контроль советских войск перешла северо-западная часть города. Генерал вермахта, в 1945 году комендант города и крепости Кенигсберга Отто фон Ляш, понимая сложность положения его войск, несколько раз просил командование разрешить ему оставить город и пойти на прорыв, чтобы соединиться с германскими войсками в Польше, но на все просьбы получил отказ. Приказа на прорыв, как и на капитуляцию, Ляшу не давал никто, за это он будет приговорен в нацистской Германии к расстрелу. Но в ту ночь все силы, которые можно было снять с позиций, были переброшены в район прорыва, который должен был направляться к западу от города. О прорыве было предупреждено гражданское население, но попытка была пресечена советскими войсками. Прорыв не удался, тогда же стало ясно, что оборона долго не продержится. Ляш собрал штаб, с которым обсуждалась возможность капитуляции. Единого мнения не было. Решение о прекращении сопротивления Ляш принял сам. 9 апреля в 21:30 комендант Кенигсберга подписал приказ о капитуляции гарнизона и сдался в плен вместе со штабом.

При штурме Кенигсберга погибли, по разным данным, от 7 до 7,5 тыс. советских солдат и офицеров. Самым известным в регионе местом захоронения советских воинов стал мемориальный ансамбль 1 200 воинам-гвардейцам 11-й гвардейской армии, павшим в боях за город. Первоначально мемориал назывался "Памятник героям Кенигсберга". Он был торжественно открыт 30 сентября 1945 года и стал первым мемориалом в СССР, увековечившим подвиг советских солдат, павших в Великой Отечественной войне. В 1946 году на флангах мемориального комплекса на ступенчатых постаментах были установлены бронзовые скульптурные группы "Штурм" и "Победа". 9 мая 1960 года перед стелой был зажжен Вечный огонь. Сюда жители города приходят, чтобы отдать дань памяти героям.