Комитет Управления Федерального казначейства по Республике Карелия  по внутреннему контролю и внутреннему аудиту создан с целью рассмотрения результатов контрольных и аудиторских мероприятий, информаций Контрольно-счетной палаты Республики Карелия, контрольно-счетных органов муниципальных образований; обеспечения контроля выполнения принятых управленческих решений по результатам контрольных и аудиторских мероприятий, а также подготовки рекомендаций по предупреждению и устранению нарушений (недостатков) в деятельности структурных подразделений Управления Федерального казначейства по Республике Карелия, по совершенствованию их системы управления.